El tipiquísimo problema con la indexación “Index process is working now. Please try run this process later.” de Magento se suele resolver borrando o asignado permisos 775 o 777 a los ficheors lock y a la carpeta lock que encontramos en var/locks.

Aun así nos han surgido casos, muy pocos, en los que esto no lo resuelve y no hemos sido capaces de solucionarlo.
Ante esto existe la posibilidad de ejecutar un script por ssh pero, como desgraciadamente, en la mayoría de los casos no hay acceso SSH al servidor no suele ser muy útil.
Por eso optamos, aunque poco elegante, por quitar la comprobación de fichero bloqueado y que ejecute la indexación incondicionalmente.

Para esto hay que editar el fichero Process.php que se encuentra en:
app\core\Mage\Index\Model\Process.php

Sobre la linea 132 existe la funcion reindexAll()
Comentamos la comprobación quedando la función así

 public function reindexAll()
    {
       // if ($this->isLocked()) {
         //   Mage::throwException(Mage::helper('index')->__('%s Index process is working now. Please try run this process later.', $this->getIndexer()->getName()));
//        }
        $this->_getResource()->startProcess($this);
        $this->lock();
        $this->getIndexer()->reindexAll();
        $this->unlock();
        $this->_getResource()->endProcess($this);
    }