Crear múltiples tiendas desde el administrador de Magento es fácil usando las vistas de tienda y los nombre de tienda.
El problema real viene cuando quieres configurar su acceso mediante otros dominios, subdominios o estructura URL.

A continuación comento varias maneras de hacerlo. Usaremos cada una dependiendo de la necesidad

FORMANDO LA ESTRUCTURA DE LA URL
Es algo muy personal y dependerá del escenario. Al final el objetivo es el mismo, mantener una única base de datos para todas las tiendas.
Podemos querer estructuras de lo siguientes tipos

SISTEMA MULTIDOMINIO
Se aplica cuando tenemos varios dominios, por ejemplo tienda1.com y tienda2.com.
Uno de ellos siempre actuará como principal, y el resto como secundarios.
La finalidad es hacer un enrutador que nos desvíe el dominio a la instacia que toca.
Para eso editaremos el fichero index.php buscado la linea con códio

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Mage::run();

y lo sustituimos por

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switch($_SERVER['HTTP_HOST']) {
/* tienda1.com */
case 'tienda1.com':
case 'www.tienda1.com':
Mage::run('tienda1', 'website');
break;
/* tienda2.com (default store)*/
default:
Mage::run();
break;
}

UN DOMINIO CON SUBDOMINIO
Si queremos hacer una tienda exclusiva dentro de nuestro dominio, esta se la opción.
Es cuando queremos algo como

El primer paso será crear en el raiz del hosting tantas carpetas como subdominios.
Una vez lo tenemos, copiamos los ficheros index.php y .htaccess de la tienda principal y que ya está funcionando a estas nuevas carpetas.
Editamos el fichero index.php cambiando esta lineas

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$mageFilename = 'app/Mage.php';
 
Mage::run();

por esto otro

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$mageFilename = '../httpdocs/app/Mage.php';
 
Mage::run('tienda1', 'website');