Magento no dispone de un sistema para eliminar los pedidos. Permite cambiarles es estado a “Cancelar” pero no borrarlos.

Para eso existen componentes que no permiten hacerlo.
Hemos probado la siguiente con resultados satisfactorios

http://www.magentocommerce.com/magento-connect/seamless-delete-order.html

Una vez instalado añade una nueva opción el las acciones de los pedidos.