Por defecto cuando conectamos a Ubuntu Server por SSH no carga automáticamente el archivo .bashrc de nuestro home.

¿Dónde ponemos los alias entonces?

Debemos crear un archivo .profile en nuestro home (cuyo funcionamiento es el mismo que el antiguo .bash_profile) con el siguiente contenido:

if [ -f ~/.bashrc ]; then
. ~/.bashrc
fi

De esta forma el archivo .profile será el encargado de buscar el archivo .bashrc y cargarlo en caso de estar disponible.