Crear múltiples tiendas desde el administrador de Magento es fácil usando las vistas de tienda y los nombre de tienda.
El problema real viene cuando quieres configurar su acceso mediante otros dominios, subdominios o estructura URL.

A continuación comento varias maneras de hacerlo. Usaremos cada una dependiendo de la necesidad

FORMANDO LA ESTRUCTURA DE LA URL
Es algo muy personal y dependerá del escenario. Al final el objetivo es el mismo, mantener una única base de datos para todas las tiendas.
Podemos querer estructuras de lo siguientes tipos 


http://www.midominio.com/tienda1


http://www.midominio.com/tienda2

htpp://www.tienda1
htpp://www.tienda2

http://www.midominio.com


http://tienda1.midominio.com


http://tienda2.midominio.com

SISTEMA MULTIDOMINIO
Se aplica cuando tenemos varios dominios, por ejemplo tienda1.com y tienda2.com.
Uno de ellos siempre actuará como principal, y el resto como secundarios.
La finalidad es hacer un enrutador que nos desvíe el dominio a la instacia que toca.
Para eso editaremos el fichero index.php buscado la linea con códio

Mage::run();

y lo sustituimos por

switch($_SERVER['HTTP_HOST']) {
/* tienda1.com */
case 'tienda1.com':
case 'www.tienda1.com':
Mage::run('tienda1', 'website');
break;
/* tienda2.com (default store)*/
default:
Mage::run();
break;
}

UN DOMINIO CON SUBDOMINIO
Si queremos hacer una tienda exclusiva dentro de nuestro dominio, esta se la opción.
Es cuando queremos algo como


http://www.midominio.com/tienda1

El primer paso será crear en el raiz del hosting tantas carpetas como subdominios.
Una vez lo tenemos, copiamos los ficheros index.php y .htaccess de la tienda principal y que ya está funcionando a estas nuevas carpetas.
Editamos el fichero index.php cambiando esta lineas

 $mageFilename = 'app/Mage.php';

 Mage::run();

por esto otro

 $mageFilename = '../httpdocs/app/Mage.php';

 Mage::run('tienda1', 'website');